Лаборатория гидробиологии основана в 2002 г. под прикладные задачи рыбохозяйственной науки для изучения планктонных и бентосных сообществ.

Лаборатория занимается изучением структуры и функционирования сообществ гидробионтов морских, солоноватоводных и пресноводных водоемов и акваторий; механизмов их трансформации и устойчивости в естественных условиях и в условиях антропогенной нагрузки.

Важным направлением работы лаборатории является выявление чужеродных видов в различных группах гидробионтов, оценка их адаптивных возможностей и вероятности натурализации в водах Сахалина и Курил. Обширные научно-исследовательские задачи лежат в области изучения кормовой базы и питания промысловых и потенциально промысловых рыб, решение которых позволяет выйти на определение приемной емкости среды для целей искусственного воспроизводства тихоокеанских лососей и других объектов аквакультуры. Большое внимание уделяется изучению ихтиопланктона, как одной из характеристик эффективности нереста рыб и устойчивости ихтиоцена.

Также лабораторией в рамках деятельности СахНИРО оказываются услуги по подготовке рекомендаций и проведению экологического мониторинга при реализации нефтегазовых проектов и других видах хозяйственной деятельности. За период работы лаборатории накоплен большой объем теоретического и экспериментального материала, позволяющего выполнить оценку воздействия на водные сообщества любых видов хозяйственной деятельности – сейсморазведки, прокладки трубопроводов, постановки буровых, строительства мостов, дорог, портовых сооружений, дноуглубления акватории.

В распоряжении лаборатории имеется оборудование, необходимое для сбора проб в полевых условиях, – моторные лодки, GPS-навигаторы, планктонные сети, батометры, дночерпатели, гидрологические зонды, фотокамеры с функцией подводной съемки. Помещения для камеральной обработки проб оснащены электронным, флуоресцентным, стереоскопическими световыми микроскопами Olympus, Nikon, МБС–10 с цифровыми фотонасадками, позволяющими выводить изображение на мониторы ПК и вести фото- и видеосъемку; весами Sartorius; ИФА-анализаторами; центрифугами.